Située dans une chronologie alternative, cette histoire ne suit pas le canon des films précédents d'Appleseed (bien qu'elle soit réalisée par le même réalisateur que les films précédents) ; il s'agit d'une histoire alternative à leurs débuts. Briareos est déjà un cyborg et ne s'est pas séparé de Deunan pour être plus tard réuni à Olympus afin de rejoindre l'ESWAT. Appleseed Alpha dépeint les débu

Située dans une chronologie alternative, cette histoire ne suit pas le canon des films précédents d'Appleseed (bien qu'elle soit réalisée par le même réalisateur que les films précédents) ; il s'agit d'une histoire alternative à leurs débuts. Briareos est déjà un cyborg et ne s'est pas séparé de Deunan pour être plus tard réuni à Olympus afin de rejoindre l'ESWAT. Appleseed Alpha dépeint les débuts de Deunan Knute et Briareos au 22ème siècle, alors qu'ils entreprennent un voyage à travers les ruines dystopiques de New York à la recherche de la ville d'Olympus. Ils sont engagés par Two Horns, le seigneur de guerre de la ville en ruines, pour éliminer des machines de combat bipèdes. Durant le combat, ils rencontrent Iris et Olson, tous deux en mission. Deunan et Briareos se lient d'amitié avec eux et décident de rejoindre leur mission. Iris a pour mission d'empêcher le sinistre cyborg Talos de s'emparer d'une arme secrète que les humains étaient en train de construire. Talos utilise Iris pour activer la gigantesque machine de guerre.