Un réseau s'étend sur le monde entier, et le développement du réseau d'information atteint son apogée. À cette époque, il existe deux mondes développés : « le monde réel » et « le monde connecté », ou le monde du réseau virtuel. Soma Toru appartient à un groupe de hackers, Steppen Wolf, qui évolue librement dans le monde virtuel. Leur dernier coup d'éclat consiste à s'attaquer à la base de donnée

Un réseau s'étend sur le monde entier, et le développement du réseau d'information atteint son apogée. À cette époque, il existe deux mondes développés : « le monde réel » et « le monde connecté », ou le monde du réseau virtuel. Soma Toru appartient à un groupe de hackers, Steppen Wolf, qui évolue librement dans le monde virtuel. Leur dernier coup d'éclat consiste à s'attaquer à la base de données des forces de l'ONU. Durant cette attaque, il perd Nonomura Yuya, son ami et chef d'équipe. Toru est arrêté par l'armée. En échange de sa libération, il doit travailler pour une organisation anti-hackers, la première escouade du Bureau d'Administration de l'Information de la Force de Sécurité de l'ONU. En travaillant pour eux, il recherche la personne qui a tué son ami, tandis que les autres membres ont leurs propres raisons de se battre. Les combats à trois camps entre le groupe terroriste, l'entreprise de sécurité et l'armée se poursuivent chaque jour. Les divers événements survenus pendant ces combats semblent indépendants les uns des autres à première vue, mais ils convergent vers un seul événement, comme s'ils étaient attirés par quelque chose. Basé sur le jeu de GIGA.