L'anime se déroule sur l'île éponyme de Musical Note Island, où le dieu de la musique est censé résider. L'île abrite des « animaux-instruments », nés de l'énergie musicale et dont certaines parties du corps sont composées d'un instrument de musique. Un jour, une sorcière arrive sur l'île. La guerrière Cara doit partir en voyage pour vaincre la sorcière et restaurer la paix sur l'île.