Dans la colonie martienne de Fourth Tokyo se trouve une salle de classe des esprits les plus brillants de la Kirishina Corporation, pionniers du développement aérospatial : l'A-TEC, dirigée par le génial ingénieur Kaito Sera, attend impatiemment l'arrivée de son nouveau membre. Il devient cependant rapidement évident que le nouvel élève est loin d'être ordinaire : Nagisa Kiryuu, fraîchement nommé

Dans la colonie martienne de Fourth Tokyo se trouve une salle de classe des esprits les plus brillants de la Kirishina Corporation, pionniers du développement aérospatial : l'A-TEC, dirigée par le génial ingénieur Kaito Sera, attend impatiemment l'arrivée de son nouveau membre. Il devient cependant rapidement évident que le nouvel élève est loin d'être ordinaire : Nagisa Kiryuu, fraîchement nommé chef de l'A-TEC et jeune frère du PDG de la corporation, est envoyé pour fermer le programme. Pour maintenir la classe en vie, Kaito et ses élèves s'efforcent désespérément de développer un successeur à leur fusée la plus puissante, le X-2 ; pendant ce temps, Nagisa grimpe l'échelle de l'entreprise dans la poursuite de sa propre mission. Malgré cela, leurs batailles distinctes révèlent bientôt que beaucoup plus se passe à la Kirishina Corporation qu'il n'y paraît. Classroom☆Crisis suit Kaito et Nagisa, ainsi que la jeune sœur de Kaito, Mizuki, et la pilote d'essai de l'A-TEC, Iris Shirasaki, dans une histoire d'intrigue, de guerre politique et, contre toute attente, de romance. Alors que Nagisa et l'A-TEC sont de plus en plus entraînés dans les conspirations de la Kirishina Corporation, les amitiés se renforcent et les passés sont dévoilés alors qu'ils se battent pour éviter la crise de leur classe.