La longue guerre entre la planète Terre et les hommes-machines est enfin terminée, laissant place à une paix qui ressemble davantage à une victoire pour les hommes-machines qu'à celle de la Terre. Warrius Zero a perdu sa famille durant la guerre contre les hommes-machines, mais malgré cela, il reste membre de la flotte terrestre qui travaille désormais de concert avec les hommes-machines. Son vais

La longue guerre entre la planète Terre et les hommes-machines est enfin terminée, laissant place à une paix qui ressemble davantage à une victoire pour les hommes-machines qu'à celle de la Terre. Warrius Zero a perdu sa famille durant la guerre contre les hommes-machines, mais malgré cela, il reste membre de la flotte terrestre qui travaille désormais de concert avec les hommes-machines. Son vaisseau, composé d'humains et d'hommes-machines, s'est vu confier une mission quasi impossible : capturer le pirate de l'espace Captain Harlock. Pendant que Zero lutte pour accomplir cette tâche, des preuves commencent à émerger, suggérant que la paix entre les hommes-machines et la Terre pourrait ne pas être ce qu'elle semble être...