Dans un futur où la Terre est en grande partie recouverte par les eaux à cause du réchauffement climatique, Maia Mizuki, 15 ans, orpheline fraîchement diplômée du collège, postule pour intégrer la prestigieuse Agence Océanique, une organisation paramilitaire du gouvernement mondial futuriste. Seuls les meilleurs, les plus intelligents et les plus aptes physiquement sont admis. Maia, la protagonist

Dans un futur où la Terre est en grande partie recouverte par les eaux à cause du réchauffement climatique, Maia Mizuki, 15 ans, orpheline fraîchement diplômée du collège, postule pour intégrer la prestigieuse Agence Océanique, une organisation paramilitaire du gouvernement mondial futuriste. Seuls les meilleurs, les plus intelligents et les plus aptes physiquement sont admis. Maia, la protagoniste, est destinée à faire partie de ce cercle restreint. Mais sa vie idéale s'écroule rapidement. À sa grande déception, Maia échoue à ses examens d'entrée. Pour couronner le tout, elle se retrouve expulsée de chez elle, victime d'un vol à la tire, prise en otage, puis abattue. Elle est « sauvée » par deux femmes, Rena et Shizuka, membres d'une organisation de mercenaires peu orthodoxe nommée Nereids (inspirée des Néréides de la mythologie grecque). N'ayant nulle part où aller, Maia rejoint les Nereids, acceptant des missions allant de la capture de criminels recherchés à la poursuite de chats errants, souvent avec des résultats inattendus. Gloria et Yu rejoindront plus tard les Nereids. « Daphne » dans le titre fait référence à une intrigue secondaire qui commence à mi-série et qui deviendra finalement importante pour Maia. « Brilliant Blue » fait référence au fait que le monde est recouvert d'eau, avec très peu de terres. Le monde est constitué de vastes océans, de quelques îles et de villes flottantes.