Vingt ans avant le début de l'histoire, un astéroïde se dirigeant vers la Terre détruit Pluton. Suite à la destruction de Pluton, l'astéroïde, surnommé Thanatos, devient temporairement stagnant. Désormais, afin d'éviter la destruction imminente de la Terre, l'International Solarsystem Development Agency (ISDA) travaille sur le "D-Project" et crée le "Dragonaut" après avoir découvert un œuf de drag

Vingt ans avant le début de l'histoire, un astéroïde se dirigeant vers la Terre détruit Pluton. Suite à la destruction de Pluton, l'astéroïde, surnommé Thanatos, devient temporairement stagnant. Désormais, afin d'éviter la destruction imminente de la Terre, l'International Solarsystem Development Agency (ISDA) travaille sur le "D-Project" et crée le "Dragonaut" après avoir découvert un œuf de dragon sous l'océan. L'objectif principal de cette arme est de détruire l'astéroïde le moment venu. Cependant, ils découvrent bientôt que l'astéroïde n'est pas leur seule menace, car de puissantes créatures ressemblant à des dragons, déterminées à semer la destruction, apparaissent sur Terre. Après avoir été témoin d'un meurtre commis par l'une de ces créatures, Jin Kamishina, un jeune homme solitaire de 18 ans qui a perdu sa famille dans un accident de navette deux ans auparavant, se retrouve impliqué dans les mystères des dragons et devient le pilote désigné du Dragonaut. Il est aidé dans son périple par Toa, une mystérieuse jeune fille qui le sauve d'une chute mortelle après qu'une créature l'ait attaqué. En s'enfonçant dans les mystères des dragons, ils rencontrent de nouveaux amis et ennemis, et commencent également à développer une relation plus étroite.