Makoto Mizuhara, génie scientifique au lycée, travaille sur son dernier projet en vue de la fête de l'école, aux côtés de sa meilleure amie, Nanami Jinnai. Le frère de Nanami et rival de toujours de Makoto, le président du conseil étudiant sans scrupules Katsuhiko Jinnai, est sous enquête pour mauvaise gestion de la planification de la fête de l'école et est convaincu que Makoto complote pour lui

Makoto Mizuhara, génie scientifique au lycée, travaille sur son dernier projet en vue de la fête de l'école, aux côtés de sa meilleure amie, Nanami Jinnai. Le frère de Nanami et rival de toujours de Makoto, le président du conseil étudiant sans scrupules Katsuhiko Jinnai, est sous enquête pour mauvaise gestion de la planification de la fête de l'école et est convaincu que Makoto complote pour lui voler sa place. Une nuit, alors que Makoto et Nanami font une pause avec leur professeur Masamichi Fujisawa, Jinnai s'introduit en douce dans le laboratoire de sciences et sabote l'appareil de Makoto, qui ouvre soudainement un portail qui les projette tous les quatre dans un autre monde ! À leur arrivée, Makoto est immédiatement attaqué par une horde de monstres insectes géants. Pendant qu'il leur échappe, il tombe sur Fujisawa et une fille nommée Rune Venus. Après que Fujisawa a combattu les monstres, un groupe de dignitaires arrive, à la recherche de Rune, leur princesse. Ils informent Makoto et Fujisawa qu'ils sont dans un monde appelé El-Hazard et les ramènent au palais de Roshtaria, leur royaume. Bien que ses conseillers se méfient des nouveaux venus, Rune décrète qu'ils doivent être traités comme des invités et se lie rapidement d'amitié avec Makoto. Ignorant que Nanami et Jinnai sont également dans ce monde, Makoto se met au travail pour trouver un moyen de retourner sur Terre.