Les membres de l'Association des Mages, Rin Tōsaka et Luviagelita « Luvia » Edelfelt, sont chargées de retrouver et de récupérer sept Cartes de Classe, des artefacts médiévaux contenant l'essence vitale d'Esprits Héroïques légendaires. Pour les aider dans leur mission, elles reçoivent le pouvoir de Ruby et Sapphire, deux Kaleidosticks sensibles qui leur permettent de se transformer en magical girl

Les membres de l'Association des Mages, Rin Tōsaka et Luviagelita « Luvia » Edelfelt, sont chargées de retrouver et de récupérer sept Cartes de Classe, des artefacts médiévaux contenant l'essence vitale d'Esprits Héroïques légendaires. Pour les aider dans leur mission, elles reçoivent le pouvoir de Ruby et Sapphire, deux Kaleidosticks sensibles qui leur permettent de se transformer en magical girls et d'augmenter considérablement leurs capacités. Cependant, les deux mages sont loin d'être en bons termes, ce qui pousse les Kaleidosticks à les abandonner à la recherche de nouveaux maîtres. Elles tombent sur deux jeunes écolières, Illyasviel von Einzbern et Miyu, et les convainquent rapidement de former un contrat. Avec leurs nouveaux pouvoirs et responsabilités, Illya et Miyu se lancent dans la collecte de toutes les Cartes de Classe.