L'histoire de l'anime tourne autour de Hanako, une jeune fille qui vit dans un monde surnaturel, distinct du nôtre. Hanako apparaît lorsque des écoliers sont en difficulté ; elle est une version bienveillante d'une légende urbaine japonaise persistante concernant Hanako, un fantôme qui hante les toilettes de l'école locale.