Manabi Straight! suit la vie d'un groupe de jeunes lycéennes en l'an 2035 alors qu'elles fréquentent le lycée privé pour filles Seioh. La natalité ayant chuté de manière drastique, les écoles ferment faute d'élèves à former. Le moral dans les établissements scolaires est au plus bas, et Seioh ne fait pas exception. L'histoire débute lorsque le personnage principal, Manami Amamiya, est transférée

Manabi Straight! suit la vie d'un groupe de jeunes lycéennes en l'an 2035 alors qu'elles fréquentent le lycée privé pour filles Seioh. La natalité ayant chuté de manière drastique, les écoles ferment faute d'élèves à former. Le moral dans les établissements scolaires est au plus bas, et Seioh ne fait pas exception. L'histoire débute lorsque le personnage principal, Manami Amamiya, est transférée à Seioh. Après quelques péripéties initiales impliquant un scooter futuriste et une compétition de natation, suivies d'une performance inspirante d'une chanson d'école, elle est intronisée présidente du bureau des élèves. L'intrigue qui s'ensuit concerne Manami travaillant avec Mika Inamori, la seule autre membre du bureau, et trois autres camarades de classe nommées Mutsuki Uehara, Mei Etoh et Momoha Odori, sur les affaires du bureau. Après quelques rénovations de la salle du bureau des élèves, Manami et ses amies se lancent dans la planification du prochain festival scolaire.