En l'an 2066, la République de Hontworl, membre fondateur des Nations Unies, quitte l'organisation sans explication. Cela provoque un tollé au sein de l'ONU et met la sécurité mondiale en péril. Peu après cet incident, Myori, la capitale de la République de Triad, est attaquée par une forteresse volante ressemblant à un oiseau, connue sous le nom de Turtle King. L'Organisation Internationale Scie

En l'an 2066, la République de Hontworl, membre fondateur des Nations Unies, quitte l'organisation sans explication. Cela provoque un tollé au sein de l'ONU et met la sécurité mondiale en péril. Peu après cet incident, Myori, la capitale de la République de Triad, est attaquée par une forteresse volante ressemblant à un oiseau, connue sous le nom de Turtle King. L'Organisation Internationale Scientifique (ISO), dirigée par le Docteur Kouzaburou Nanbu, est chargée de neutraliser cet ennemi mystérieux. Simultanément, les plus éminents scientifiques de l'ISO disparaissent. Les cinq membres de la Science Ninja Team, les guerriers Gatchaman, sont appelés à découvrir la vérité. Cela fait des années que l'équipe n'a pas affronté Berg Katze et la tristement célèbre organisation Galactor. Ken, également connu sous le nom d'Aigle, pourra-t-il encore mener son équipe à la victoire contre cette force suprême du mal ?