Trente-deux ans se sont écoulés depuis la défaite initiale des Invaders. A.E.G.I.S. est aujourd'hui quasiment démantelé et n'est plus qu'une organisation clandestine composée de quelques Gate Keepers restants pour sauver l'humanité. L'un des membres, Ayane Isuzu, en a marre de la société dans son ensemble, bien qu'elle continue de vaincre les Invaders par dépit envers son père. Soudain, elle appre

Trente-deux ans se sont écoulés depuis la défaite initiale des Invaders. A.E.G.I.S. est aujourd'hui quasiment démantelé et n'est plus qu'une organisation clandestine composée de quelques Gate Keepers restants pour sauver l'humanité. L'un des membres, Ayane Isuzu, en a marre de la société dans son ensemble, bien qu'elle continue de vaincre les Invaders par dépit envers son père. Soudain, elle apprend la résurrection du Kikai Shogun et de l'Akuma Hakushaku, mais une mystérieuse fille fantôme les accompagne désormais. Il incombe à Ayane et aux restes d'A.E.G.I.S. de les arrêter et de sauver l'humanité une fois de plus.