L'histoire de l'anime se déroule en 2027, un an après la fin de la quatrième guerre non nucléaire. La ville de New Port City peine encore à se remettre des suites de la guerre lorsqu'elle est victime d'un attentat à la bombe causé par une mine autopropulsée. Puis, un membre de l'armée impliqué dans une affaire de pots-de-vin liés au trafic d'armes est abattu. Au cours de l'enquête, Daisuke Aramak

L'histoire de l'anime se déroule en 2027, un an après la fin de la quatrième guerre non nucléaire. La ville de New Port City peine encore à se remettre des suites de la guerre lorsqu'elle est victime d'un attentat à la bombe causé par une mine autopropulsée. Puis, un membre de l'armée impliqué dans une affaire de pots-de-vin liés au trafic d'armes est abattu. Au cours de l'enquête, Daisuke Aramaki, de la Section de Sécurité Publique, rencontre Motoko Kusanagi, la hackeuse de niveau sorcier cyborg assignée à la 501e Unité Secrète de l'armée. Batou, un homme doté de « l'œil qui ne dort jamais », soupçonne Kusanagi d'être derrière l'attentat. Le détective Togusa, du département de police de la préfecture de Niihama, enquête parallèlement sur deux affaires : la mort par balle et le meurtre d'une prostituée. Motoko elle-même est surveillée par le chef de la 501e Unité Secrète, Kurutsu, et des agents cyborgs.