Nous sommes en 2045. Suite au « Global Simultaneous Default », un désastre économique qui a ébranlé tous les pays du globe jusqu'à leurs fondations, ainsi qu'à l'évolution explosive de l'intelligence artificielle, le monde a sombré dans la « Sustainable War », une guerre planifiée et sans fin. Dans ce futur proche, le déclin n'a pas encore atteint un stade où les gens perçoivent le risque de survi

Nous sommes en 2045. Suite au « Global Simultaneous Default », un désastre économique qui a ébranlé tous les pays du globe jusqu'à leurs fondations, ainsi qu'à l'évolution explosive de l'intelligence artificielle, le monde a sombré dans la « Sustainable War », une guerre planifiée et sans fin. Dans ce futur proche, le déclin n'a pas encore atteint un stade où les gens perçoivent le risque de survie de l'humanité posé par l'IA dans leur vie quotidienne. Pour combattre la cybercriminalité des « Posthumans », une nouvelle espèce humaine apparue soudainement, la Section 9 de la Sécurité Publique, dirigée par la cyborg entièrement prothétique Kusanagi Motoko, se rend à Tokyo, réduite en ruines lors d'une guerre précédente. Ils y découvrent un groupe de réfugiés qui s'autoproclame « N » et une unité hostile des forces spéciales américaines. Alors que le risque de guerre nucléaire déclenchée par un sous-marin détourné grandit de jour en jour, la bataille à trois entre la Section 9 de la Sécurité Publique, l'Amérique et les Posthumans s'intensifie.