Plusieurs années après The Fruit of Grisaia... Ce qui fut autrefois l'« Académie Mihama », un sanctuaire pour jeunes filles, s'est transformé en une école de formation du SORD (Special Organization for Research & Development) dédiée à la promotion des talents pour la défense nationale. Rena et Maki se spécialisent dans les armes à feu, Tohka et Gumi excellent dans le tir de précision, Chris s'occ

Plusieurs années après The Fruit of Grisaia... Ce qui fut autrefois l'« Académie Mihama », un sanctuaire pour jeunes filles, s'est transformé en une école de formation du SORD (Special Organization for Research & Development) dédiée à la promotion des talents pour la défense nationale. Rena et Maki se spécialisent dans les armes à feu, Tohka et Gumi excellent dans le tir de précision, Chris s'occupe des explosifs et du traitement des données, et Murasaki est une ninja expérimentée pour les opérations de renseignement. Ensemble, elles s'attaquent à des affaires trop complexes pour la police ou les Forces d'autodéfense, affrontant à maintes reprises des missions périlleuses. Voici l'histoire de ces jeunes filles, peinte de sang et de poudre.