Cent ans de plus se sont écoulés depuis la fin de *Harukanaru Toki no Naka de 2* (200 ans après l'anime original). Dans le passé, très peu de temps s'est écoulé dans le futur. Un jour, Kasuga Nozomi rencontre un étrange garçon dans son lycée, qui l'envoie à travers le temps et l'espace jusqu'à Kyou, un lieu dans un autre monde qui ressemble fortement à Kyoto vers la fin de la période Heian. Là, le

Cent ans de plus se sont écoulés depuis la fin de *Harukanaru Toki no Naka de 2* (200 ans après l'anime original). Dans le passé, très peu de temps s'est écoulé dans le futur. Un jour, Kasuga Nozomi rencontre un étrange garçon dans son lycée, qui l'envoie à travers le temps et l'espace jusqu'à Kyou, un lieu dans un autre monde qui ressemble fortement à Kyoto vers la fin de la période Heian. Là, le clan Minamoto (« Genji »), dirigé par Minamoto no Yoritomo, est en guerre contre le clan Taira (« Heike »), dirigé par Taira no Kiyomori. Les Heike espèrent vaincre les Genji en libérant des esprits vengeurs pour perturber le flux d'énergie naturel de la terre et terroriser le pays. Le garçon se révèle être la forme humaine de Hakuryuu, le Dieu Dragon Blanc qui protège Kyou, mais qui est affaibli par la présence des esprits vengeurs. En tant que Hakuryuu no Miko (Prêtresse du Dieu Dragon Blanc), Nozomi s'allie aux Genji car Hakuryuu ne pourra pas la renvoyer chez elle tant que son pouvoir n'aura pas été restauré...