Cent ans après que des bouleversements tectoniques catastrophiques aient submergé la majeure partie de son territoire, le Japon prospère désormais en tant que nation maritime. Des villes modernes bordent les côtes du Japon, et des routes maritimes bien développées sont défendues par des navires de guerre spécialisés. L'industrie marine est florissante, et de jeunes filles rêvent de rejoindre les B

Cent ans après que des bouleversements tectoniques catastrophiques aient submergé la majeure partie de son territoire, le Japon prospère désormais en tant que nation maritime. Des villes modernes bordent les côtes du Japon, et des routes maritimes bien développées sont défendues par des navires de guerre spécialisés. L'industrie marine est florissante, et de jeunes filles rêvent de rejoindre les Blue Mermaids – des femmes hautement qualifiées qui consacrent leur vie à la protection des mers. Après un certain temps séparées, les amies d'enfance Akeno Misaki et Moeka China se retrouvent au Lycée maritime pour filles de Yokosuka. Elles y rejoignent d'autres jeunes filles qui partagent leur rêve de devenir des Blue Mermaids. Bientôt, les exercices d'entraînement commencent, Akeno et Moeka étant mises aux commandes de leurs propres navires et équipages. Tout se déroule sans accroc pour Akeno alors qu'elle s'installe dans son rôle de capitaine et renforce la camaraderie entre les membres de son équipage à bord du Harekaze, un navire destroyer. Cependant, des défaillances moteur et de navigation inattendues laissent bientôt leur navire échoué et l'équipage en danger. High School Fleet suit le vaillant équipage du Harekaze alors qu'il navigue à travers des eaux traîtresses et d'autres obstacles dans sa quête pour devenir de véritables Blue Mermaids.