D'étranges créatures géantes appelées « Ryū no Shippo » (Queues de Dragon) sont apparues partout dans le monde. En raison du danger qu'elles représentaient, le Peloton Keroro a mené une recherche mondiale sur les Ryū no Shippo, mais Tamama a soudainement disparu pendant ces recherches. Pour cette raison, tout le peloton a commencé sa recherche de Tamama et a fini par se retrouver au Mont-Saint-Mic

D'étranges créatures géantes appelées « Ryū no Shippo » (Queues de Dragon) sont apparues partout dans le monde. En raison du danger qu'elles représentaient, le Peloton Keroro a mené une recherche mondiale sur les Ryū no Shippo, mais Tamama a soudainement disparu pendant ces recherches. Pour cette raison, tout le peloton a commencé sa recherche de Tamama et a fini par se retrouver au Mont-Saint-Michel, en France, où ils ont rencontré une mystérieuse jeune fille nommée Sion, qui détient le mystérieux Ryū no Hon (Livre du Dragon). Mais ils ignorent encore les secrets qu'elle renferme et la calamité mondiale qui détruira le monde tel qu'ils le connaissent...