Après la défaite des Little Busters lors de leur première partie de baseball, l'équipe décide d'organiser une fête aux crêpes. Cela fait presque un semestre depuis le retour de Kyousuke Natsume. Comme d'habitude, Riki Naoe continue d'aider les membres des Little Busters—anciens comme nouveaux—à affronter leurs luttes intérieures. Cependant, des événements étranges commencent à se produire, rapproc

Après la défaite des Little Busters lors de leur première partie de baseball, l'équipe décide d'organiser une fête aux crêpes. Cela fait presque un semestre depuis le retour de Kyousuke Natsume. Comme d'habitude, Riki Naoe continue d'aider les membres des Little Busters—anciens comme nouveaux—à affronter leurs luttes intérieures. Cependant, des événements étranges commencent à se produire, rapprochant Rin Natsume et Riki de la découverte de la vérité derrière le « secret de ce monde ». Rin et Riki ignorent que leur découverte changera à tout jamais la vie quotidienne paisible créée par les Little Busters. Little Busters! : Refrain conclut les histoires colorées de son casting d'ensemble—forgé par le poids des émotions et renforcé par les liens de l'amitié—alors qu'ils acceptent leurs regrets et leurs faiblesses.