Chaque jour, Aya Asagiri pense au suicide. Elle est harcelée sans relâche à l'école et, à la maison, son frère aîné Kaname la maltraite physiquement pour soulager le stress académique que son père exerce sur lui. Une nuit, alors qu'elle est éveillée et souhaite mourir, un site web mystérieux, Magical Girl Site, apparaît sur son ordinateur portable, promettant de lui donner des pouvoirs magiques.

Chaque jour, Aya Asagiri pense au suicide. Elle est harcelée sans relâche à l'école et, à la maison, son frère aîné Kaname la maltraite physiquement pour soulager le stress académique que son père exerce sur lui. Une nuit, alors qu'elle est éveillée et souhaite mourir, un site web mystérieux, Magical Girl Site, apparaît sur son ordinateur portable, promettant de lui donner des pouvoirs magiques. Au début, elle rejette cela comme une mauvaise blague, mais lorsqu'elle trouve un pistolet magique dans son casier le lendemain, elle ne sait plus quoi croire. Décidant de le prendre avec elle, elle tombe bientôt à nouveau sur ses harceleurs. Mais cette fois, désespérée de trouver quoi que ce soit pour la sauver, elle utilise le pistolet — et ses agresseurs sont transportés à un passage à niveau voisin, où ils sont écrasés. La conscience d'Aya ne peut supporter le fait qu'elle ait assassiné deux de ses camarades de classe avec de la magie, et elle essaie désespérément de comprendre la situation. Cependant, lorsqu'elle se retrouve à nouveau en difficulté, elle est sauvée par Tsuyuno Yatsumura, une camarade de classe qui peut utiliser la magie pour arrêter le temps. Ce duo a beaucoup à faire : non seulement ils doivent se battre aux côtés et contre d'autres magical girls, mais ils doivent aussi découvrir la vérité derrière le site web et l'événement apocalyptique connu sous le nom de « The Tempest » qui doit bientôt se produire. [Écrit par MAL Rewrite]