Lors de son transfert dans une nouvelle école pour filles, Kanako Miyamae espérait trouver le grand amour. Ce qu'elle trouva à la place fut la ravissante Mariya Shidou, une camarade de classe charmante que Kanako rencontra le premier jour. Mais Mariya a un défaut : c'est en réalité un garçon qui s'habille en fille ! Après avoir découvert le secret de Mariya et s'être retrouvée coincée comme coloca

Lors de son transfert dans une nouvelle école pour filles, Kanako Miyamae espérait trouver le grand amour. Ce qu'elle trouva à la place fut la ravissante Mariya Shidou, une camarade de classe charmante que Kanako rencontra le premier jour. Mais Mariya a un défaut : c'est en réalité un garçon qui s'habille en fille ! Après avoir découvert le secret de Mariya et s'être retrouvée coincée comme colocataire avec lui, la vie de Kanako est devenue une succession de malheurs. Tout ce qu'elle souhaite, c'est trouver la fille de ses rêves, ce qui est difficile à réaliser avec les interventions du sadique Mariya et de sa servante à la langue bien pendue, Matsurika Shinouji. Maria†Holic Alive continue l'histoire de Kanako alors qu'elle gère sa vie de colocataire avec Mariya et vise à trouver le grand amour, tout en supportant la vie au lycée elle-même.