Tout ce qu'Eruna Ichinomiya désire, c'est d'être entourée de jolies filles en jolies tenues. Comme le lycée Mikagura arbore les uniformes les plus mignons du coin, elle décide de s'y inscrire dans ce prestigieux établissement réputé pour ses clubs culturels. Cependant, elle ignore que l'adhésion à un club est obligatoire et que les représentants de chaque club doivent s'affronter pour un classeme

Tout ce qu'Eruna Ichinomiya désire, c'est d'être entourée de jolies filles en jolies tenues. Comme le lycée Mikagura arbore les uniformes les plus mignons du coin, elle décide de s'y inscrire dans ce prestigieux établissement réputé pour ses clubs culturels. Cependant, elle ignore que l'adhésion à un club est obligatoire et que les représentants de chaque club doivent s'affronter pour un classement. En fonction de ces classements, les membres du club reçoivent un logement et de la nourriture. À la poursuite de Seisa Mikagura, la plus belle fille de l'école, Eruna rejoint le club « rentrer à la maison » mais se retrouve plongée dans les combats de la prochaine compétition de clubs. Avec les représentants des autres clubs maniant des pouvoirs uniques, la compétition s'annonce féroce ! Basé sur la populaire série de chansons, Mikagura Gakuen Kumikyoku suit Eruna alors qu'elle explore les différents clubs de l'école et aide les membres dans leurs vies tourmentées, tous aspirant également à la première place de l'établissement.