En l'an 0096 du Siècle Universel, une paix fragile émerge des cendres du conflit. Banagher Links, un étudiant de seize ans, visite la colonie spatiale Industrial 7 dans le cadre d'une sortie scolaire, mais suite à une avarie de navette, il se retrouve complètement bloqué. Pour Banagher, qui a toujours mené une vie normale, la guerre n'a toujours été qu'un lointain vestige, presque une légende his

En l'an 0096 du Siècle Universel, une paix fragile émerge des cendres du conflit. Banagher Links, un étudiant de seize ans, visite la colonie spatiale Industrial 7 dans le cadre d'une sortie scolaire, mais suite à une avarie de navette, il se retrouve complètement bloqué. Pour Banagher, qui a toujours mené une vie normale, la guerre n'a toujours été qu'un lointain vestige, presque une légende historique. Mais en quelques minutes, le fantasme devient réalité lorsqu'il sauve une jeune fille nommée Audrey Burne, qui a besoin de rencontrer de toute urgence le dirigeant de la fondation Vist, Cardeas Vist. Elle espère le persuader de garder secrète la « Boîte de Laplace », un objet qui détient le potentiel de détruire le monde. L'histoire se met en marche alors que des forces galactiques convergent vers Industrial 7, chacune rivalisant pour la possession de la Boîte de Laplace. Tandis que les restes de Neo Zeon s'affrontent avec les Forces de la Fédération Terrestre autour de la colonie, Cardeas, dans ses derniers instants, confie à Banagher la clé de la Boîte, un mobile suit baptisé « The Unicorn Gundam ». Rempli d'action explosive et de tension grandissante, Mobile Suit Gundam Unicorn RE:0096 suit Banagher alors que sa conviction est mise à l'épreuve et que le destin, resté dormant pendant plus d'un siècle, se réalise enfin.