Takashi Natsume et son compagnon esprit, Madara, surnommé « Nyanko », continuent de rendre les noms d'esprits du Livre des amis, légué par sa défunte grand-mère Reiko Natsume. Un jour, en rentrant de l'école, Takashi rencontre un esprit rôdeur nommé Monmonbou, qui se souvient de la grand-mère de Takashi en entendant son nom. La curiosité naturelle de Takashi le pousse à explorer une ville mystéri

Takashi Natsume et son compagnon esprit, Madara, surnommé « Nyanko », continuent de rendre les noms d'esprits du Livre des amis, légué par sa défunte grand-mère Reiko Natsume. Un jour, en rentrant de l'école, Takashi rencontre un esprit rôdeur nommé Monmonbou, qui se souvient de la grand-mère de Takashi en entendant son nom. La curiosité naturelle de Takashi le pousse à explorer une ville mystérieuse où vivait sa grand-mère. Se liant d'amitié avec une vieille connaissance de sa grand-mère, Yorie Tsumura, et son fils Mukuo, Takashi dévoile davantage le passé de sa grand-mère. Pendant ce temps, Nyanko fait un détour pour se nourrir et tombe sur une « Graine d'esprit » suspecte, qui fait miraculeusement pousser un arbre fruitier du jour au lendemain. Cédant à la tentation, Nyanko consomme le fruit, se divisant en trois. Cherchant une solution à la situation de Nyanko, Takashi et ses amis lui prêtent main-forte, découvrant ainsi de manière inattendue d'autres secrets que recèle la ville.