Alors que la saison d'automne touche à sa fin, Chidori Yoshino, membre de Strega, enlève Junpei Iori. Pendant ce temps, Makoto Yuuki et la Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) exterminent le neuvième Arcana, le Pendu. Peu de temps après, un mystérieux playboy du nom de Ryouji Mochizuki intègre la classe 2-F du lycée Gekkoukan. Ayant apparemment atteint leur objectif, les membres de

Alors que la saison d'automne touche à sa fin, Chidori Yoshino, membre de Strega, enlève Junpei Iori. Pendant ce temps, Makoto Yuuki et la Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) exterminent le neuvième Arcana, le Pendu. Peu de temps après, un mystérieux playboy du nom de Ryouji Mochizuki intègre la classe 2-F du lycée Gekkoukan. Ayant apparemment atteint leur objectif, les membres de la SEES pensent être libérés de la bataille qui a cruellement emporté la vie de leurs proches. Pourtant, Tartarus et l'Heure Sombre continuent d'exister, imperturbables par l'extermination de la douzième Ombre. Désespérés par leur échec apparent, la SEES doit faire face à ses luttes personnelles et découvrir pour qui ils se battent. Alors que les parcours de découverte de soi de Makoto et Junpei progressent, l'identité de Ryouji et la raison de la haine d'Aegis envers lui deviennent claires.