Dans un monde où les Pokémon vivent et communiquent entre eux, existent des trésors mythiques appelés Rouages du Temps qui régulent le cours du temps dans leurs régions respectives. Si l'un d'eux est retiré de sa place, le temps se fige dans cette zone, et même les Pokémon maléfiques n'osent pas les voler. Mais récemment, des anomalies temporelles sont apparues dans tout le pays, provoquant l'appa

Dans un monde où les Pokémon vivent et communiquent entre eux, existent des trésors mythiques appelés Rouages du Temps qui régulent le cours du temps dans leurs régions respectives. Si l'un d'eux est retiré de sa place, le temps se fige dans cette zone, et même les Pokémon maléfiques n'osent pas les voler. Mais récemment, des anomalies temporelles sont apparues dans tout le pays, provoquant l'apparition de Mystères Souterrains et de Pokémon agressifs. Des équipes d'exploration Pokémon ont été formées pour explorer ces Mystères Souterrains, appréhender les Pokémon violents et aider à maintenir la paix. Il s'avère que les anomalies temporelles n'ont pas été causées par la disparition récente des Rouages du Temps, mais par la lente désintégration de la Tour du Temps et la corruption de Dialga en Dark Dialga. Le voleur récemment tristement célèbre, Juptile, a volé les Rouages du Temps afin de les apporter à la Tour du Temps et d'arrêter sa détérioration. L'équipe d'exploration Pokémon, les Explorateurs de l'Ombre — composée de Hikozaru et de Pochama, autrefois humain — doit faire équipe avec Juptile pour se rendre au Pays du Crépuscule, où se trouve la Tour du Temps. Si le trio échoue, la Tour du Temps s'effondrera complètement, laissant le monde entier figé dans le temps pour toujours...