La vie ordinaire du lycéen Ayato Kamina est bouleversée lorsque Tokyo est soudainement envahie par des avions de combat futuristes. Au milieu du chaos, il rencontre une femme nommée Haruka Shitow qui prétend faire partie d'une organisation gouvernementale appelée TERRA. Elle lui révèle qu'il a vécu dans une bulle temporelle nommée "Tokyo Jupiter", mise en place par les Mulians — des humanoïdes ven

La vie ordinaire du lycéen Ayato Kamina est bouleversée lorsque Tokyo est soudainement envahie par des avions de combat futuristes. Au milieu du chaos, il rencontre une femme nommée Haruka Shitow qui prétend faire partie d'une organisation gouvernementale appelée TERRA. Elle lui révèle qu'il a vécu dans une bulle temporelle nommée "Tokyo Jupiter", mise en place par les Mulians — des humanoïdes venus d'une autre dimension — dans le but d'isoler et de prendre le contrôle de Tokyo. TERRA tente depuis de percer la barrière qui entoure la ville. Incapable de digérer cette révélation, Ayato panique et s'enfuit. Il tombe sur sa camarade de classe Reika Mishima qui le conduit à un endroit appelé "Le Sanctuaire de Xephon" où un grand œuf sommeille. Elle se met à chanter et un pouvoir inconnu s'éveille en Ayato, le connectant à un être nommé RahXephon qui sort de l'œuf. Peu après, Haruka le retrouve et tente de le faire rejoindre sa cause pour lutter contre les Mulians. Pris entre les tirs croisés des Mulians et de TERRA, Ayato commence à remettre en question son but, naviguant entre des souvenirs altérés et, finalement, sa propre identité dans ce nouveau monde chaotique.