L'histoire se déroule en l'an 2050 de notre ère, et l'humanité a fait des progrès constants dans sa technologie spatiale. Cependant, la planète est soudainement prise pour cible par un mystérieux ennemi : les forces d'Eldar, venues de 250 ans dans le futur. À leur époque, en 2300, leur planète Eldar a été envahie par la Terre et vaincue par la Trinity Energy terrienne, une énergie mystérieuse util

L'histoire se déroule en l'an 2050 de notre ère, et l'humanité a fait des progrès constants dans sa technologie spatiale. Cependant, la planète est soudainement prise pour cible par un mystérieux ennemi : les forces d'Eldar, venues de 250 ans dans le futur. À leur époque, en 2300, leur planète Eldar a été envahie par la Terre et vaincue par la Trinity Energy terrienne, une énergie mystérieuse utilisée dans leurs armes qui possède une puissance plusieurs fois supérieure à celle d'une bombe à hydrogène. L'objectif du peuple Eldar est de voler cette Trinity Energy avant qu'elle ne puisse être utilisée contre eux. Les forces d'Eldar commencent par s'emparer de Io, la lune de Jupiter, l'un des endroits où l'humanité aura immigré à cette époque. Après cela, elles commencent à attaquer Trinity City avec leurs légions de Cosmosauruses afin de voler la Trinity Energy. Toshiya et ses amis utilisent God Sigma pour protéger la planète et la Trinity Energy, et la bataille évolue en une longue guerre pour reprendre Io.