Lors d'une mission archéologique aux confins de l'univers connu, le professeur Daiba libère sans le savoir une ancienne horreur de sa prison. Cinq ans plus tard, la force extraterrestre maléfique met en œuvre un plan qui réunit les différents membres de l'équipage de l'Arcadia pour naviguer à nouveau dans les étoiles, et amène Tadashi Daiba à rencontrer Harlock pour la première fois (de nouveau).