Le Dr. Oki, scientifique de génie ayant conçu un nouveau type de sous-marin, a disparu. Son fils, Susumu, suspecte un sombre complot fomenté par un groupe inconnu. Il connaît par cœur le sous-marin de son père, le « Super 99 » – son équipement, ses armes, ses fonctions et ses capacités. Susumu pense que pour retrouver son père, il doit démasquer l'organisation secrète, le Helmet Party, et contreca

Le Dr. Oki, scientifique de génie ayant conçu un nouveau type de sous-marin, a disparu. Son fils, Susumu, suspecte un sombre complot fomenté par un groupe inconnu. Il connaît par cœur le sous-marin de son père, le « Super 99 » – son équipement, ses armes, ses fonctions et ses capacités. Susumu pense que pour retrouver son père, il doit démasquer l'organisation secrète, le Helmet Party, et contrecarrer leur conspiration. Avec l'aide de ses amis et du corps des Marines, il se lance dans une quête sous-marine, sans savoir à quel point son entreprise sera périlleuse…