Grisaia no Rakuen débute juste à la fin du volet précédent, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji est arrêté sous le coup d'accusations de terrorisme. Une vidéo présentant des preuves apparemment irréfutables des actes de Yuuji est diffusée, et il est détenu par Ichigaya. Ichigaya sait pertinemment que Yuuji n'a pas commis les crimes dont il est accusé. Cependant, il a bien échoué à assassiner Heath O

Grisaia no Rakuen débute juste à la fin du volet précédent, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji est arrêté sous le coup d'accusations de terrorisme. Une vidéo présentant des preuves apparemment irréfutables des actes de Yuuji est diffusée, et il est détenu par Ichigaya. Ichigaya sait pertinemment que Yuuji n'a pas commis les crimes dont il est accusé. Cependant, il a bien échoué à assassiner Heath Oslo, le chef d'une organisation terroriste en possession d'une arme d'une puissance dévastatrice. En réalité, Ichigaya a ses propres plans pour Yuuji... Mais tout n'est peut-être pas perdu pour Yuuji. Les filles de l'Académie Mihama ne comptent pas laisser Yuuji être utilisé à des fins politiques, tout comme une mystérieuse nouvelle figure qui apparaît devant elles.