Un jour, le soleil rouge vif cessa de luire, provoquant le « Phénomène de Rupture » : la destruction de la ville d'Arata Kasuga et la disparition de ses habitants. Mais tout n'est pas perdu ; en utilisant le grimoire magique que lui a confié sa meilleure amie et cousine, Hijiri Kasuga, le monde d'Arata est reconstruit artificiellement. Afin d'enquêter sur ce phénomène, Lilith Asami apparaît devan

Un jour, le soleil rouge vif cessa de luire, provoquant le « Phénomène de Rupture » : la destruction de la ville d'Arata Kasuga et la disparition de ses habitants. Mais tout n'est pas perdu ; en utilisant le grimoire magique que lui a confié sa meilleure amie et cousine, Hijiri Kasuga, le monde d'Arata est reconstruit artificiellement. Afin d'enquêter sur ce phénomène, Lilith Asami apparaît devant Arata, dont le monde artificiel se désintègre soudainement. Il se voit proposer deux choix : livrer le livre ou mourir. Cependant, Arata choisit une troisième voie : s'inscrire à l'académie secrète d'arts magiques, la Royal Biblia Academy, où six autres utilisateurs de magie l'attendent. Avec Lilith, ces six forment la Trinity Seven, l'élite de l'école, chacun possédant ses propres pouvoirs et compétences. Avec l'ambition de sauver Hijiri et l'aide de ses nouveaux amis, Arata est prêt à tout pour empêcher la destruction de sa ville natale bien-aimée et ramener sa meilleure amie.