Au 25ème siècle, un vaisseau spatial transportant 300 personnes quitte la Terre à la recherche d'un nouveau monde dans le système solaire, mais un accident inattendu survient. Ils s'écrasent dans un trou noir relié à un autre univers. Les passagers du vaisseau sont projetés à la dérive dans une capsule de sauvetage vers une planète nommée Ismo. L'histoire commence 12 ans après leur arrivée sur Ism

Au 25ème siècle, un vaisseau spatial transportant 300 personnes quitte la Terre à la recherche d'un nouveau monde dans le système solaire, mais un accident inattendu survient. Ils s'écrasent dans un trou noir relié à un autre univers. Les passagers du vaisseau sont projetés à la dérive dans une capsule de sauvetage vers une planète nommée Ismo. L'histoire commence 12 ans après leur arrivée sur Ismo. Ismo est une étoile du Système Onam, qui correspond au Système Solaire de notre univers. C'est la seule planète restante dans le Système Onam. L'Étoile de la Mort nommée Yomi est une comète qui approche régulièrement du Système Onam. Il y avait autrefois 8 planètes dans le Système Onam. Il y a de nombreuses années, à l'époque des dieux, une guerre a eu lieu contre le monstre maléfique Yamatano Orochi (une créature serpentine à 8 têtes). Les dieux ont remporté la bataille. Yamatano Orochi a été enfermé dans 8 pierres, dont l'une est enfouie au plus profond du centre de chaque planète. Personne n'était censé avoir accès au cœur des planètes. Cependant, Tsukuyomi, un dieu maléfique qui règne sur Yomi, a réussi à s'emparer des pierres une par une, détruisant 7 des planètes à l'aide de ses puissants robots, les Sky Warriors. Mais, lorsqu'il a tenté d'acquérir la dernière pierre sur la planète Ismo, le plus puissant des Sky Warriors, Susanoo, est devenu incontrôlable et a été emporté. Un million d'années plus tard, l'Étoile de la Mort Yomi approche à nouveau du Système Onam. Tsukuyomi, le maître de Yomi, prévoit de saisir cette opportunité pour réaliser son rêve de régner sur l'univers entier. Il désire désespérément la dernière pierre contenant Yamatano Orochi. Si Tsukuyomi parvient à mettre la main sur cette pierre, Yamatano Orochi reviendra à la vie et son pouvoir lui appartiendra. Tsukuyomi a besoin du Sky Warrior Susanoo pour capturer la pierre, et envoie 8 Sky Soldiers pour récupérer Susanoo. Mais il est trop tard. Susanoo n'appartient plus à Tsukuyomi. Il appartient à Takeru, un garçon de 13 ans venu de Terre, qui a découvert par hasard le robot enfoui Susanoo et l'a réveillé de son sommeil d'un million d'années. Takeru se retrouve impliqué dans la bataille contre les Sky Soldiers et leur maître maléfique, Tsukuyomi. Susanoo se dresse pour protéger ses amis et leur planète.