Le monde des Duel Monsters évolue une fois de plus avec le développement d'un réseau appelé Link Vrains et une nouvelle mécanique d'invocation introduite sous le nom de Link Summon. Grâce à ce cyberespace, les duellistes peuvent désormais créer leurs propres avatars et se frayer un chemin vers la gloire dans une réalité virtuelle. Cependant, tout comme le monde réel, le monde numérique n'est pas

Le monde des Duel Monsters évolue une fois de plus avec le développement d'un réseau appelé Link Vrains et une nouvelle mécanique d'invocation introduite sous le nom de Link Summon. Grâce à ce cyberespace, les duellistes peuvent désormais créer leurs propres avatars et se frayer un chemin vers la gloire dans une réalité virtuelle. Cependant, tout comme le monde réel, le monde numérique n'est pas à l'abri des guerres, des conflits et des mystères. Il y a des années, une organisation de hackers connue sous le nom de Knights of Hanoi a lancé une attaque sur Link Vrains. Dirigés par l'anonyme Revolver, leur objectif était d'annihiler le programme d'intelligence artificielle connu sous le nom de Cyberse. Après une tentative ratée, l'une de leurs cibles, Ignis, a réussi à s'échapper et à cacher le Cyberse quelque part dans le réseau. Cinq ans plus tard, le lycéen Yuusaku Fujiki rencontre un étrange programme d'intelligence artificielle lors d'un duel dans Link Vrains. Sous le couvert de son avatar nommé Playmaker, Yuusaku et son complice, Shouichi Kusanagi, décident d'unir leurs forces à cette existence particulière. Alors qu'il cherche la vérité derrière un mystérieux incident du passé, Yuusaku se bat contre les Knights of Hanoi et SOL Technologies dans une course qui pourrait changer le destin du monde.