Après avoir vaincu un mystérieux ennemi, Yūma Tsukumo, avec l'aide de Kaito Tenjō et Ryōga « Shark » Kamishiro, a contrecarré les plans des Barians. Cependant, Yūma est toujours en quête des Numéros pour restaurer les souvenirs d'Astral. Les Sept Empereurs Barians entendent parler des efforts de Yūma et d'Astral et commencent à collecter les cartes eux-mêmes pour atteindre leur objectif ultime : d

Après avoir vaincu un mystérieux ennemi, Yūma Tsukumo, avec l'aide de Kaito Tenjō et Ryōga « Shark » Kamishiro, a contrecarré les plans des Barians. Cependant, Yūma est toujours en quête des Numéros pour restaurer les souvenirs d'Astral. Les Sept Empereurs Barians entendent parler des efforts de Yūma et d'Astral et commencent à collecter les cartes eux-mêmes pour atteindre leur objectif ultime : détruire le monde d'Astral en échange de sauver le leur. Bien que seulement cinq des empereurs soient présents, ils décident à l'unanimité d'annihiler Astral et Yūma une fois pour toutes. Ailleurs, grâce à leurs nouveaux pouvoirs de ZEXAL, Astral et Yūma s'efforcent d'éliminer la force ennemie qui menace la Terre et le reste de l'univers. Yu☆Gi☆Oh! Zexal Second dévoile les mystères et les désagréables surprises qui découlent des épreuves de Yūma. Alors qu'Astral peine à accepter son passé et les conséquences qu'il a pu engendrer, les dieux continueront-ils à combler Yūma de leurs faveurs dans une autre aventure périlleuse ?