Après les événements de la saison 02, tout rentre enfin dans l'ordre. C'est du moins ce que l'on croit, jusqu'à ce qu'une icône étrangement familière commence à apparaître sur les systèmes informatiques à travers le Japon. Et pas seulement sur les systèmes informatiques... les télévisions, les téléphones portables, les jeux vidéo ; tout ce qui possède un écran et une connexion en ligne. Cette icôn

Après les événements de la saison 02, tout rentre enfin dans l'ordre. C'est du moins ce que l'on croit, jusqu'à ce qu'une icône étrangement familière commence à apparaître sur les systèmes informatiques à travers le Japon. Et pas seulement sur les systèmes informatiques... les télévisions, les téléphones portables, les jeux vidéo ; tout ce qui possède un écran et une connexion en ligne. Cette icône semble chercher quelqu'un... Yagami Taichi et Ishida Yamato, qui l'ont vaincue plusieurs années auparavant. Oui, il s'avère que ce Digimon ressemblant à une méduse est en fait Diablomon, le Digimon de type Virus vaincu dans le deuxième film. Mais cette fois, il a appris à prendre une forme physique et envoie des milliers de copies de lui-même dans le monde réel. Koushiro et Ken élaborent un plan pour débarrasser le monde de ce virus une bonne fois pour toutes, mais cela nécessitera l'aide de tous les Élus, passés et présents. Une fois de plus, c'est une course contre la montre pour mettre un terme au complot de Diablomon... mais même cela est enveloppé d'ombre. La résurrection d'Omegamon suffira-t-elle à arrêter Diablomon une seconde fois, ou les millions de copies constitueront-ils un boost de puissance suffisant pour se débarrasser du "Champion de la Justice Digimon" ? Bien sûr, il n'a pas encore vu la nouvelle génération d'Élus, ni les nouvelles techniques. C'est un combat jusqu'à la fin, avec la destruction de Tokyo en jeu.