Takato et Guilmon partent en vacances à Okinawa où ils rencontrent une autre dresseuse, Minami. De retour au Japon, un animal de compagnie virtuel populaire se transforme soudainement en virus, infectant tous les ordinateurs qui le possèdent. Alors que le virus se propage, Takato essaie de comprendre pourquoi les digimon attaquent son nouvel ami et quel est le lien entre elle et le virus.