Désormais en possession de l'Edens Zero, Shiki Granbell a réuni les Quatre Étoiles Scintillantes. Avec l'aide de ses nouveaux amis, Shiki pourra franchir Dragonfall, la frontière du Cosmos Sakura grouillant de dragons mécaniques. Une fois cela accompli, il pourra poursuivre sa quête pour trouver la déesse Mother. Avant que l'équipage de l'Edens Zero ne puisse avancer dans son voyage, ils remarque

Désormais en possession de l'Edens Zero, Shiki Granbell a réuni les Quatre Étoiles Scintillantes. Avec l'aide de ses nouveaux amis, Shiki pourra franchir Dragonfall, la frontière du Cosmos Sakura grouillant de dragons mécaniques. Une fois cela accompli, il pourra poursuivre sa quête pour trouver la déesse Mother. Avant que l'équipage de l'Edens Zero ne puisse avancer dans son voyage, ils remarquent un mystérieux vaisseau de guerre qui les suit. Apprenant que le vaisseau, le Belial Gore, appartient à Drakken Joe, Shiki et son équipage tentent de s'y infiltrer, dans l'intention de comprendre pourquoi l'Alchimiste Noir les poursuit. Dans le processus, l'Edens Zero est pris en otage par les subordonnés de Drakken. Bien qu'ils soient dans une situation difficile, Shiki refuse de reculer. En travaillant avec ses amis, Shiki devra vaincre l'Alchimiste Noir s'il espère sortir vivant du Belial Gore.