Nous sommes en 21XX. Les Reploids sont monnaie courante, après que le Dr Cain a redécouvert l'ancien laboratoire du Dr Light et basé plusieurs de ses créations sur les prototypes originaux du Dr Light, baptisés « Megaman X ». X, quant à lui, a rejoint les Maverick Hunters et travaille avec le chef d'unité Zero sous le commandement du Général Sigma. Leur mission : traquer et neutraliser les Reploid

Nous sommes en 21XX. Les Reploids sont monnaie courante, après que le Dr Cain a redécouvert l'ancien laboratoire du Dr Light et basé plusieurs de ses créations sur les prototypes originaux du Dr Light, baptisés « Megaman X ». X, quant à lui, a rejoint les Maverick Hunters et travaille avec le chef d'unité Zero sous le commandement du Général Sigma. Leur mission : traquer et neutraliser les Reploids renégats, ceux qui sont devenus violents.